La sécurité en classe de sciences est de la plus haute importance. Les autres composantes de l'éducation (les ressources, les stratégies pédagogiques, les installations) ne peuvent remplir véritablement leur rôle que si elles se réalisent dans une salle de classe qui ne présente pas de danger. Pour créer des conditions de sécurité dans la salle de classe, il faut que l'enseignant de sciences soit informé, conscient et prévenant, et que les élèves respectent et appliquent les consignes. 

Des pratiques sécuritaires, en classe comme ailleurs, sont la responsabilité conjointe de l'enseignant de sciences et des élèves. La responsabilité de l'enseignant se résume à fournir un environnement sûr et à s'assurer que les élèves connaissent bien les façons d'agir qui ne présentent pas de danger. La responsabilité des élèves est d'agir avec prudence en fonction des conseils donnés et des mises en garde propres à chaque ressource consultée. 

Kwan et Texley (2003) proposent aux enseignantes et enseignants les Quatre P de la sécurité, à savoir la Préparation, la Planification, la Prévention et la Protection :

Préparation

• Se tenir au courant des plus récentes nouvelles et certifications en matière de sécurité personnelle. 
• Bien connaitre les politiques nationales ou provinciales et les consignes des divisions scolaires et des écoles en matière de sécurité en classe. 
• Passer un contrat de sécurité avec les élèves.

Planification 

• Élaborer des plans de cours permettant à l'ensemble des élèves d'apprendre efficacement et en toute sécurité. 
• Choisir des activités adaptées aux styles d'apprentissage, au niveau de maturité et au comportement de l'ensemble des élèves, et inclusives de tous les élèves. 
• Créer des « aide-mémoires sécurité » pour les activités en classe ou les expériences réalisées sur le terrain. 

Prévention 

• Recenser et atténuer les risques présents. 
• Passer en revue avec les élèves les consignes de prévention des accidents. 
• Apprendre aux élèves les consignes de sécurité, notamment sur le port de vêtements adaptés, et les revoir avec eux.
• Ne pas utiliser de matériel défectueux ni suivre de consignes potentiellement dangereuses. 
• Interdire aux élèves de manger ou de boire dans les laboratoires et locaux de sciences. 

Protection 

• S'assurer qu'on dispose d'un matériel de protection suffisant pour tous les élèves, comme des lunettes de protection. 
• Apprendre aux élèves comment utiliser correctement le matériel de sécurité et les vêtements de protection et leur en faire la démonstration. 
• Montrer l'exemple en exigeant que tous les élèves et visiteurs portent des vêtements de protection appropriés aux lieux.

La définition de la sécurité s'étend au bienêtre de tous les éléments de la biosphère, comme les animaux, les plantes, la terre, l'air et l'eau. Depuis la connaissance des fleurs sauvages qu'on peut cueillir sans crainte jusqu'à l'élimination des déchets toxiques des laboratoires chimiques, la sécurité de notre monde et de notre avenir dépend notamment de nos gestes individuels et de la formation donnée pendant les cours de sciences. L'élève doit aussi montrer un comportement éthique et responsable dans sa façon de traiter les animaux dans le cadre d'expérimentations.

La sécurité en classe de sciences est en outre affaire d'entreposage, d'utilisation et d'élimination des déchets de produits chimiques. Le règlement sur le Système d'information sur les matières dangereuses utilisées au travail (SIMDUT) prescrit au titre de la Loi sur les produits dangereux régit les pratiques d'entreposage et de manipulation de produits chimiques dans les écoles. Toutes les divisions scolaires sont tenues de se conformer aux dispositions de la loi. Les produits chimiques doivent notamment être gardés en lieu sûr selon la catégorie de produits dont ils relèvent et pas seulement rangés par ordre alphabétique. Tous les contenants de produits chimiques doivent porter les étiquettes de mise en garde appropriées et tout le personnel de la division scolaire appelé à se servir de substances dangereuses doit avoir accès aux fiches signalétiques du SIMDUT. Le règlement provincial au titre du SIMDUT prescrit que tout employé appelé à manipuler des substances dangereuses doit recevoir une formation adéquate de son employeur.